Deep down
Basically,in essence; at the core.
根は、本質的には、心の中は
Fred's boss seems to be a very evil person, but deep down he's not that bad.
フレッドの上司は見た目、すごく意地悪そうだが、根はそんなに悪くない。
直訳すれば「一番深いところでは」となりますが、これはどこかというと、心の中ということです。
本心では、実際は、という意味の口語で、実際や中身が、見かけと違う時に使われます。
deep down insideともいわれます。
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